L’Université de Parakou (UP) a été créée par le décret N° 2001-365 du 18 Septembre 2001, portant création et organisation de deux Universités Nationales en République du Bénin.
Elle Université est divisée en deux campus :
Le campus de NATITINGOU (ENI-Natitingou)
Le campus de PARAKOU, qui comporte pour l’instant en son sein cinq entités dont trois écoles et deux facultés. Il s’agit de :
- L’Institut Universitaire de Technologie (IUT)
- La Faculté d’agronomie (FA)
- L’Ecole de Médecine (EM)
- La Faculté des Sciences Economiques et de Gestion (FASEG)
- La Faculté de Droit et de Sciences Politiques (FDSP).
Sa situation géographique et son implantation dans une région carrefour font de l’Université de Parakou une université de proximité et un outil précieux d’intégration sous-régional et régional face à l’incontournable mondialisation du savoir et des compétences et à la généralisation des Nouvelles Technologie de l’Information et de la Communication.
Les missions de l’Université de Parakou sont centrées sur l’Enseignement, la Recherche et la contribution à un développement durable, tant au plan national que sous-régional et régional, grâce à un programme adéquat élaboré par une équipe de pionniers dynamiques et engagés, dont la devise est « Doctrina Lumen Humani Generis Est » (La science est la lumière du genre humain). Ses missions sont d’une part, de former des cadres spécialisés pour les besoins du développement économique, social, intellectuel et culturel du Bénin, ainsi que de participer au développement de la recherche scientifique fondamentale appliquée et de donner une impulsion à l’économie nationale.

- Professeur Simon AKPONA
- Recteur de l’Université de Parakou
Pr Simon AKPONA, Professeur Titulaire de Biochimie est le premier recteur élu de l’Université de Parakou depuis le mercredi 05 juillet 2006 à la suite des premières élections rectorales au Bénin.
Les vices recteurs élus le même jour sont au nombre de trois :
Pr Prosper GANDAHO pour les affaires académiques et l’insertion professionnelle,
Pr Nestor SOKPON pour la recherche scientifique,
Pr Barthélemy BIAO pour la coopération universitaire et internationale.
L’Université de Parakou est équipée de laboratoires de recherche, de langue, de salles informatiques et de tous les équipements modernes nécessaires à l’exécution de ses missions. Pour le confort des étudiants, elle compte également dans ses murs un restaurant universitaire, des résidences pouvant abriter 350 étudiants, des infrastructures culturelles et sportives. La bibliothèque universitaire est également présente sur le campus, et offre sur ses rayonnages tous les livres utiles aux formations dispensées. Elle est réservée aux étudiants et aux chercheurs.
L’Université de Parakou est par ailleurs, depuis peu, jumelée avec la Faculté de Toulouse.