Elle est chargée :
 de la mise en œuvre de la politique d’attribution de bourses nationales et étrangères aux étudiants et aux stagiaires ;
 de l’orientation des postulants, de la prospection des bourses et de leur répartition en fonction des priorités de l’Etat ;
 de la programmation des stages à l’étranger des agents permanents de l’état relevant du ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique ;
 de la préparation des dossiers de candidatures aux diverses bourses d’études et de stage à soumettre aux différentes instances nationales d’attribution de bourses et secours ;
 de l’élaboration et de la diffusion de tout document d’information relatif à la scolarité des étudiants et stagiaires béninois à l’étranger ;
 du suivi des relations du ministère avec les écoles inter-états en ce qui concerne la gestion du cursus des étudiants.

La direction des bourses et secours universitaires comprend :
 un service administratif ;
 un service de l’orientation et de la prospection ;
 un service des bourses et secours universitaires ;
 un service des formations à l’étranger.

Le directeur des bourses et secours universitaires est nommé par décret pris en conseil des ministres sur proposition du ministre parmi les cadres de la catégorie A1 au moins dix (10) années d’ancienneté.