La Direction de l’Organisation et du Suivi de l’Enseignement Supérieur (DOSES) est chargée de la mise en œuvre de la politique de l’éducation dans le domaine de l’enseignement supérieur relative aux règles d’organisation et de fonctionnement des établissements d’enseignement supérieur, à l’équipement, à l’élaboration des programmes, à la détermination des règles de la scolarité et à la centralisation des données statistiques.

A ce titre, elle est chargée, en fonction des critères arrêtés par le ministre et en liaison avec les directions techniques compétentes :
 de définir les règles d’orientation de l’enseignement supérieur ainsi que celles qui régissent le fonctionnement des établissements publics et privés sur les plans administratif et pédagogique ;
 de déterminer les objectifs des programmes, la réglementation des examens et les règles d’orientation, d’évaluation et de certification des apprentissages ;
 de concevoir la politique de manuels, de documentation pédagogique et d’équipement ;
 de définir les règles de contrôle des établissements publics et privés de l’enseignement supérieur ;
 de déterminer les objectifs de formation en concertation avec la chambre de commerce et d’industrie du Bénin, la chambre d’agriculture, les ordres des professions libérales et les autres organisations professionnelles ;
 d’élaborer les règles d’ouverture et de fermeture des établissements ainsi que celles des sections et des filières dans l’enseignement supérieur privé, en collaboration avec la direction de la programmation et de la prospective.

La direction de l’organisation et du suivi de l’enseignement supérieur comprend :
 un service administratif et financier ;
 un service de l’organisation et de la prévision ;
 un service des programmes, de l’évaluation, de l’orientation et de la scolarité.