Les organismes et établissements publics sous tutelle du MESRS sont :
 l’Université d’Abomey-Calavi (UAC) ;
 l’Université de Parakou (UP) ;
 le Centre National des Œuvres Universitaires (CENOU) ;
 l’Office du Baccalauréat (OB) ;
 le Centre Béninois de la Recherche Scientifique et Technique (CBRST).

En cas de besoin, d’autres organismes ou établissements publics sous tutelle peuvent être créés.

Les attributions, l’organisation et le fonctionnement des structures visées à l’article précédent sont définis par les textes qui les régissent.